《异形： 契约》相较于原版删减了一些内容，主要包括：
1. 新异形破背画面：被孢子寄生的男船员在飞船上被新异形破背，并从身体中跳出，这里删减了新异形破背而出的镜头和黑人女船员争斗的镜头，黑人女船员脸部被异形抓毁。
2. 船员遭遇异形时的特写镜头：船员之一与异形发生遭遇战，中间有些打斗镜头遭到删减。
3. 异形正脸和诞生镜头：由于广电要求避免电影中出现过于恐怖、血腥、暴力的镜头，影片中“异形”的正脸和“异形”诞生的镜头全部删去。
4. 其他删减内容：包括一些能够让观众更多了解“工程师”这一外星种族的段落，以及肖博士死因的相关内容。
国内上映的版本时长为116分钟，原版为123分钟。删减的这些内容主要是出于对未成年人保护以及避免过于血腥暴力的考虑。