在《庆余年》中，庆帝的死因是被五竹的镭射眼杀死。具体情节如下：
战斗过程：
范闲为了给叶轻眉和陈萍萍报仇，联合众人杀入皇宫。庆帝与五竹展开了一场大战，两人都受了重伤。范闲用重狙打伤了庆帝的手臂，但未能致命。
好奇心作祟：
庆帝在临死之前，对五竹蒙眼布后面的真相感到好奇，于是伸手摘下了黑布。就在这一瞬间，五竹的眼睛闪过一道白光，庆帝随即死亡。
五竹的身份：
五竹是神庙的一名机器人，外表和普通人类无异，但他的眼睛具有镭射功能，能够发射出致命的激光。
综上所述，庆帝的死因是被五竹的镭射眼杀死，这一情节在小说和电视剧中均有描述，且置信度较高。