毕业证工本费的合法性取决于多个因素，以下是相关法律规定和考虑因素：
首次办理毕业证
根据《教育部关于当前加强高等学校学历证书规范管理的通知》第七条，学校在首次为学生办理毕业证时不得收取工本费。
补办毕业证
如果毕业证丢失后补办，收取工本费可能是合法的，但这取决于具体的地方政策以及是否与教育部、国家发展改革委、财政部的相关规定相符。
额外费用考量
如果收费仅为覆盖毕业证书制作过程中的合理成本（如纸张、印刷、防伪措施等），并且收费标准已经过物价管理部门的审查批准或备案，同时学校对收费行为进行了明确的公示和解释，则可能被视为合法。
乱收费问题
若学校以毕业证书工本费为名进行乱收费，并将所得用于与毕业证书制作无关的其他领域，这是违反法律法规的行为。
总结来说，学校在首次为学生办理毕业证时不得收取工本费，任何与首次办理毕业证无关的工本费收取行为，或者超出合理成本范围的收费，都可能被视为不合法。如果遇到学校违规收费的情况，应及时向教育主管部门反映情况，要求退还费用