持有有效日本签证可以免签入境或申请电子签证前往以下国家：
韩国
持有日本有效签证者可以免签过境韩国，停留期限30天以内，但须有30天内离韩机票订单。
菲律宾
持有有效的日本签证，有效期大于6个月的国内护照，返程或是续程的机票，在移民局内没有违禁记录，免签入境最多可延长14天，最长可停留21天。
墨西哥
持有有效的日本签证入境停留目的为非劳务访问（旅游）的外国人，可直接前往墨西哥，在入境时出示护照及有效签证。
巴拿马
持有日本签发的多次有效、之前在颁发国使用过且剩余有效期不少于6个月的签证，或有上述国家及地区的居留卡，可免签进入巴拿马，停留期限最长为30天。
土耳其
持有美国有效签证，可以网上申请土耳其电子签证，60美元，180天有效。
洪都拉斯
持有日本签证+离境机票+酒店预订单，可以免签洪都拉斯。
格鲁吉亚
持有日本三年、五年多次往返签证可免签入境格鲁吉亚，6个月内不多于90天。
此外，持有日本签证的人还可以免签或过境新加坡和韩国。
建议
在计划前往上述国家时，请确保了解并遵守各国的具体入境要求和规定，如持有有效机票和酒店预订单等。
某些国家的免签政策可能会有变动，建议在出行前通过官方渠道确认最新的入境要求。