吴佩慈不能转正的原因主要有以下几点：
涉及财务风险问题
纪晓波作为富豪，虽然身价高达上百亿，但投资理财存在极大风险，资产能否保住尚不确定。一旦结婚，风险出现后二人需要共同承担，吴佩慈是否能成为阔太太还是穷太太，存在很大不确定性。
保护吴佩慈及孩子
纪晓波可能并不是真心不愿意给吴佩慈名分，而是出于保护她的考虑。他可能认为，给予吴佩慈名分的同时也会给她带来潜在的风险和不利影响，因此选择“手放开”，即不正式结婚。
豪门之路的艰辛
吴佩慈豪门之路走得非常艰辛，曾经两次提交转正申请却一次次被无视。纪晓波可能觉得目前的情况更适合保持现状，而不是让吴佩慈成为正式的妻子。
综上所述，吴佩慈不能转正的原因主要与她与纪晓波之间的财务风险以及纪晓波对她的保护有关。纪晓波可能认为，不正式结婚能更好地保护吴佩慈和孩子的利益。