发酵过程中常用的菌种主要包括以下几类：
酵母菌
常用于酿造啤酒、葡萄酒、面包等。
例子：酿酒酵母、产朊假丝酵母。
乳酸菌
常用于发酵乳制品（如酸奶、酸菜）、泡菜等。
例子：植物乳杆菌、屎肠球菌。
醋酸菌
常用于生产醋。
例子：醋酸杆菌。
霉菌
常用于生产酱油、豆腐乳、腐乳等。
例子：黑曲霉、米曲霉。
芽孢杆菌
常用于生产发酵饲料、污水处理等。
例子：枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌。
其他菌种
如光合菌，在水产领域应用广泛。
赤霉菌，用于制作豆腐乳、腐乳等。
选择发酵菌种时，通常会考虑安全性、代谢产物丰富性、发酵条件易控性以及菌种的高效性、稳定性和不易退化性。这些因素共同确保发酵产品的质量和生产效率