国二和国三发动机的主要区别在于尾气排放的有害物质含量。以下是具体差异：
排放标准
国二发动机排放标准对尾气排放的有害物质含量有具体限制，如一氧化碳（CO）、碳氢化合物（HC）和氮氧化物（NOx）等。
国三发动机在国二的基础上，对尾气排放的有害物质含量要求更低，通常包括对氮氧化物（NOx）排放的限值提高，以及对烃类（HC）排放要求的降低。
发动机结构
国二发动机通常采用机械式供油系统，存在供油压力低、喷油静态正时不准确等问题，可能导致尾气排放超标。
国三发动机则多采用电控高压共轨或电控单体泵等先进技术，提高了供油系统的效率和精确性，有助于降低尾气排放。
成本和技术
国三发动机在技术上进行了升级和改造，如增加车辆自诊断系统和对三元催化器进行改进，这些技术改进使得发动机更环保，但同时也提高了成本。
环保效果
由于排放标准的提高，国三发动机相比国二发动机更环保，能够更有效地减少尾气中有害物质的排放。
市场实施
国二标准自2004年7月1日起全国实施，而国三标准自2007年7月1日起全国实施。
燃油效率
国三发动机通常在长途稳定行驶时，相比国二发动机更省油，例如5吨左右的车型百公里可省1升左右。
外部区别
国三发动机在内部结构上进行了改进，如缸盖、进排气歧管、气门、凸轮轴、活塞等，但外部区别并不明显。
催化器
国三发动机通常配备更高效的尾气催化器，以进一步降低有害物质的排放。
总结来说，国三发动机在排放控制、技术升级、燃油效率和环保效果方面都优于国二发动机。这些改进是为了满足日益严格的环保法规要求，减少车辆对环境的影响。