楼顶违章搭建的处理通常遵循以下步骤和措施：
立案调查：
相关部门对楼顶违章搭建行为进行立案调查，并进行取证。
通知违建方：
确认存在违章搭建后，通知违建业主或施工方，并责令其拆除违章建筑。
自行拆除：
如果违建方配合，可自行拆除违章建筑。
行政强制拆除：
若违建方拒不配合，相关部门可采取行政强制手段，如行政罚款、行政拘留或吊销许可证等，并强制拆除违章建筑。
法律责任追究：
对违建的责任主体进行处罚，可能包括罚款、行政拘留、刑事责任追究等。
法律依据：
依据《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，对违建行为进行处罚。
安全排查：
拆除违章建筑前，应对楼顶进行安全检查，确保拆除过程不会造成其他安全隐患。
后续监管：
拆除违章建筑后，应进行后续监管，防止类似行为再次发生。
请根据具体情况，遵循当地法律法规和程序，采取适当的处理措施。