神奇宝贝系列作为深受欢迎的动画和游戏，在其发展过程中确实存在一些被广泛传播的黑历史。以下是一些例子：
3D龙事件
1997年播出的《精灵宝可梦》第38集《电脑战士3D龙》中，使用了红蓝交替的视觉冲击效果，导致600多名日本观众晕倒就医，该集因此被禁播。
紫苑镇事件
在《精灵宝可梦》游戏初期，紫苑镇的背景音乐突然变得诡异，长时间聆听可能导致玩家出现抑郁、自闭症甚至自杀倾向。
喷火龙原型争议
喷火龙虽被称为“龙”，但实际上是西方龙的设计，没有龙属性，常被玩家调侃为蜥蜴，直到在后续版本中获得了龙属性。
三圣鸟的必杀技
初代神奇宝贝中，火焰鸟的必杀技被错误地设定为瞪眼，而非预期的火焰喷射或大字爆。
白色鬼手与活埋人型
白色鬼手是《口袋妖怪一代（4色版）》中一个被设定为可以和玩家对战的野生妖怪，形象为萎缩腐烂的手。
耿鬼与皮可西的相似性
耿鬼和皮可西的外形相似，有玩家猜想耿鬼可能是皮可西的影子，而耿鬼的幽灵属性与皮可西的普通属性无法相互攻击。
袋龙与可拉可拉
袋龙一出生就带着幼仔，有玩家认为袋龙可能携带的是它死去母亲的头骨。
噩梦神的设计
噩梦神这一角色是由一个喜欢神奇宝贝的小孩子设计的，该孩子在创作完毕后不幸去世，其母亲将设计稿交给GAME FREAK，噩梦神因此成为正式角色。
三神柱的地点
三神柱的所在地点分别对应现实中的“长崎”，“宫崎”和“大分”，这一设定来源于对地理的了解。
沼跃鱼的3D建模
沼跃鱼在六代之前的绘图活泼开朗，但六代3D建模后变得眼神空洞，被玩家调侃为“看穿一切的沼跃鱼”。
这些黑历史展示了神奇宝贝系列在发展过程中的一些争议和误解，以及它们背后的文化和社会影响。