藻类的繁殖方式主要有三种：营养繁殖、无性繁殖和有性繁殖。
营养繁殖
通过细胞分裂，如二分裂，产生新的个体。
营养体部分从母体分离，形成独立的新个体。
特殊营养枝，如黑顶藻的繁殖枝，掉地后独立生长。
假根繁殖，如海扇藻。
盘状幼体度过不利环境，如度夏或度冬。
无性繁殖
依靠游动孢子，这些孢子具有鞭毛，可以自由游动，如蓝藻门的内孢子、红藻门的四分孢子、绿藻门的厚壁孢子等。
产生孢子囊，孢子不需结合，一个孢子可长成新个体。
有性繁殖
依靠配子，可以是同配或异配。
同配由形状大小一样的配子融合形成合子。
异配由大小不同或形状不一样的配子融合形成合子。
卵配是一种异配，其中卵细胞较大不能游动，精细胞较小且具有鞭毛，能自由游动。
合子直接形成新个体，不经过多细胞胚发育。
藻类繁殖的方式和环境条件紧密相关，在环境有利时通常进行无性繁殖，而在环境不利时可能转向有性繁殖以增强后代的抗逆性