自动离职是否扣工资取决于具体情况。以下是相关法律规定和解释：
法律规定
根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位可以解除劳动合同。
《劳动法》第五十条规定工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《工资支付暂行规定》第九条指出，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
可能扣工资的情况
如果员工擅自离职给公司造成经济损失，公司可以要求员工进行赔偿。
公司每月从员工工资中扣除的赔偿数额不得超过其当月工资的20%。
如果扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准来支付。
不可以扣工资的情况
如果员工已经提供了劳动，那么对应部分的报酬不应被剥夺。
用人单位应当按照合同约定及时足额支付工资，非法克扣工资或者拖延支付是违法的。
争议解决
如果用人单位拒绝支付工资，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉举报或者申请劳动仲裁。
总结来说，员工自动离职后，用人单位通常应当支付劳动者应得的工资。但是，如果员工的自动离职给用人单位造成了经济损失，用人单位可以要求员工赔偿，但赔偿额度有限制，并且必须遵守法律规定，不能无故克扣工资。如果发生争议，劳动者可以通过法律途径维护自己的权益