小智在《宝可梦》系列中拥有的神奇宝贝包括：
皮卡丘：
小智最初的伙伴，属性是电气，特性是静电。皮卡丘因其顽强的性格和不愿意进化的态度，成为了小智最忠诚的伙伴之一，也是《宝可梦》IP的标志性角色。
妙蛙种子：
小智在第十话中得到的神奇宝贝，属性是草加毒，特性是茂盛。妙蛙种子在小智手上持续时间较长，是继皮卡丘之后的重要伙伴。
小火龙：
原本被训练家抛弃，小智在雨中搭救后收服，后进化为火恐龙。小火龙在神奥联盟大赛中以“猛火”特性打败了原主人真司的电击魔兽等三只宝可梦。
杰尼龟：
小智在橘子群岛收服的宝可梦，后进化为卡比兽。
卡比兽：
在橘子群岛收服，存在感虽不强，但在多个比赛中帮助小智取得胜利。
赫拉克罗斯：
小智在战斗中收服的宝可梦。
菊草叶：
小智在战斗中收服的宝可梦。
火球鼠：
小智在战斗中收服的宝可梦。
小锯鳄：
小智在战斗中收服的宝可梦，后进化为龙虾小兵。
猫头夜鹰：
小智在战斗中收服的宝可梦。
小小象：
小智在战斗中收服的宝可梦。
由基拉：
小智在战斗中收服的宝可梦。
傲骨燕：
小智在丰缘地区收服的第一只宝可梦，后进化为大王燕。
木守宫：
小智在战斗中收服，后进化为蜥蜴王。
龙虾小兵：
小智在战斗中收服的宝可梦，身体颜色像被煮熟的龙虾。
煤炭龟：
小智在战斗中收服的宝可梦。
雪童子：
小智在战斗中收服的宝可梦。
长尾猴：
小智在战斗中收服的宝可梦。
胖胖翁：
小智在战斗中收服的宝可梦。
树苗龟：
小智在战斗中收服的宝可梦。
叉尾浮鼬：
小智在战斗中收服的宝可梦。
小火猴：
小智在战斗中收服的宝可梦。
天蝎：
小智在战斗中收服的宝可梦。
烈焰猴：
曾被训练家丢弃，小智收留并培养，后进化为最终形态。
鬃岩狼人（黄昏形态）：
在阿罗拉地区特定时间进化的新形态。
蜥蜴王：
小智的最强草系宝可梦，由木守宫进化而来。
卡比兽：
在橘子群岛收服。
赫拉克罗斯：
小智在战斗中收服的宝可梦。
月桂叶：
小智在战斗中收服的宝可梦。
火岩鼠：
小智在战斗中收服的宝可梦。
31. 小巨鳄：小智在战斗中收服的宝可梦。
32. 猫头夜鹰：小智在战斗中收服的宝可梦。
33. 遁甲：小智在战斗中收服的宝可梦。
34. 大王雁：小智在战斗中收服的宝可梦。
35. 龙虾小兵：小智在战斗中收服的宝可梦。
36. 煤炭龟：小智在战斗中收服的宝可梦。
37. 冰鬼护：小智在战斗中收服的宝可梦。
38. 姆克鹰：小智在战斗中收服的宝可梦。
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