根据《职工带薪年休假条例》和相关法律规定，员工在享受带薪年休假期间，应获得与正常工作期间相同的工资收入。全勤奖的发放通常基于员工在规定上班时间内未出现迟到、早退、旷工、病事假等情形。因此，一般情况下，员工休年假不应影响其获得全勤奖，除非员工在休假期间出现了不符合全勤奖发放条件的行为，如迟到或早退。
用人单位不应以员工休年假为由扣发全勤奖，因为年休假是劳动者的法定权利，且休假期间视为出勤。如果用人单位在员工休年假时扣除了全勤奖，这可能与法律规定不符。
请注意，具体规定可能因公司而异，建议参考员工与用人单位签订的劳动合同以及公司的内部规章制度来确定