深惠城轨项目未能动工的原因主要有以下几点：
功能重叠：
深惠城轨与在建的赣深高铁线路存在功能重叠。赣深高铁从赣州西站引出，经河源市、惠州市和东莞市，接入深圳北站，全长432公里。由于两条线路功能重叠，深惠城轨的建设需求和规划需要进行优化。
财政压力：
建设深惠城轨需要巨大的资金支持，而惠州的财政收入受到压力，财政支出压力较大，导致项目资金难以落实。
人口密度：
惠州的人口密度相对较低，地铁车厢可能无法满载，投资回报有限，这使得项目难以获得足够的支持。
出资方案及资金来源不明确：
深圳、惠州、东莞三市的项目出资方案及资金来源尚未明确，这严重影响了项目的推进。
规划和调整：
深惠城轨的建设需要结合惠州机场打造新干线机场的需要，进一步研究和优化线路路由，这也导致了项目未能按计划推进。
其他因素：
项目定位不清、水网密布导致频繁改动线位、实际工作尚未全面展开等也是影响项目动工的因素。
综上所述，深惠城轨项目未能动工的原因是多方面的，包括功能重叠、财政压力、人口密度低、资金问题、规划和调整以及其他一些未明确的外部因素。