商业用房40年产权到期后，可以采取以下几种方式处理：
申请续期
商业用房的土地使用权到期后，土地使用者有权优先向国家申请延续土地使用权。需向当地国土资源局提出申请，并补交土地出让金。续期的具体操作流程和费用标准目前尚未有统一规定，但可以参考住宅用地的续期原则。
自动续期
根据《民法典》第三百五十九条，住宅建设用地使用权期限届满后，可以自动续期，续期费用的缴纳或减免依照法律、行政法规的规定办理。然而，非住宅建设用地使用权期限届满后，并没有自动续期的规定，需要土地使用者依法申请续期。
国家收回土地并补偿
在特殊情况下，如社会公共利益需要，国家可以依照法律程序提前收回土地使用权，并根据土地使用者使用土地的实际年限和开发土地的实际情况给予相应的经济补偿。补偿方式可能类似于拆迁安置办法。
重置
另一种选择是在产权到期后，通过拆迁重建的方式实现土地资源的再利用。这种方式虽然能够最大化土地价值，但对于原购房者而言，可能意味着要面临搬迁、补偿等一系列复杂问题，其权益保护同样重要。
建议
提前规划：商业用房的产权到期问题需要提前规划，了解当地政策和可能的风险。
咨询专业机构：在续期或重置前，咨询专业的法律顾问或房地产机构，了解详细的操作流程和可能涉及的费用。
关注政策变化：由于相关法律法规可能会有所更新，持续关注政策变化，确保自己的权益得到保障。
通过以上方式，商业用房40年产权到期的问题可以得到妥善解决，同时保障土地资源的合理利用和购房者的合法权益。