关于如何查询三年多次签证是否被激活，以下是一些参考信息：
签证类型：
确认你的签证类型，如果签证上写的是“MULTIPLE”而不是“SINGLE”，这通常意味着你已经拥有多次入境的权限。
酒店入住证明：
如果你在日本冲绳入住，酒店可能会为你提供一份入住证明，你可以将这份证明提交给代办签证的旅行社。
旅行社通知：
旅行社在收到你的酒店入住证明后，通常会通知你签证已激活。
官方渠道：
没有官方渠道可以直接查询签证是否激活，但如果你已经按照要求提供了必要的文件，并且没有收到任何来自大使馆或旅行社的补交资料通知，那么可以认为签证已经激活。
直接咨询：
如果上述方法都不能确定签证状态，可以直接联系日本大使馆或领事馆咨询。
注意有效期：
确保你的签证仍在有效期内，并且没有过期。