当C类驾驶证（C证）被扣12分时，您需要按照以下步骤处理：
缴纳罚款：
首先需要处理所有未缴清的违章罚款。
满分教育：
在15日内，到驾驶证核发地或违法行为地的公安机关交通管理部门参加为期7天的道路交通安全法律、法规和相关知识的学习。
参加考试：
学习结束后，参加科目一的考试。考试合格后，记分将被清除，并会发还您的驾驶证。如果考试不合格，您需要继续参加学习和考试，直到通过为止。
注销实习期驾照：
如果您是在实习期内被扣12分，注销您的实习准驾车型驾驶资格，并需要重新报名、通过培训和科目一到科目四的考核，全部成绩合格后才能再次驾驶。
请注意，如果在一个记分周期内累积两次或以上达到12分，或者累积记分达到24分以上，除了参加科目一考试外，还可能需要参加科目三的考试才能领回驾驶证。