嘉靖皇帝朱厚熜的死因主要是丹药中毒。他笃信道教，长期服用由铅汞等重金属炼制的丹药，这些丹药含有剧毒，长期服用导致了慢性中毒。嘉靖四十五年（1566年）十月，嘉靖皇帝突然病发，口吐白沫，不久后便驾崩。
除此之外，嘉靖年间还发生了一起震惊朝野的宫女弑君事件，即所谓的“壬寅宫变”。在这次事件中，以杨金英为首的宫女企图勒死嘉靖皇帝，但被及时发现并阻止。嘉靖皇帝因此服用了所谓的“峻药”，这可能也加剧了他的病情，最终导致他不幸去世。
嘉靖皇帝的一生充满争议，他在位期间国家政治腐败，他本人也沉溺于道教修炼，忽视国事，导致朝政荒废