工程二类费用通常指的是在建设期间除了建筑安装工程费用和设备工器具购置费之外，与工程项目建设直接相关但不属于工程费用的其他费用。具体包括以下内容：
与土地使用权有关的费用
建设项目征用或租用土地应支付的费用
管线搬迁及补偿费
与整个工程建设有关的费用
基本费用项目：
建设单位管理费
前期工作咨询费
环境影响评价费
测量测绘费
研究试验费
工程勘察费
工程设计费
施工图技术审查费
场地准备费和临时设施费
工程建设监理费
工程造价咨询费
工程招标费
检验监测费
工程保险费等
通用费用项目：
水土保持方案编制费
节能评估费
设计咨询费
社会稳定风险评估费
BIM技术应用费
白蚁防治费
城市基础设施配套费
高可靠性供电费
人防工程易地建设费
绿色建筑咨询费等
与场地有关的费用项目：
地质灾害危险性评价费
地震安全性评价费
防洪评估费
周边建（构）筑物安全鉴定费
航道通航条件影响评价费
通航安全影响论证与评估费
交通影响评价费
海域使用论证费
海域使用金
使用林地可行性报告编制工作费等
与生产运营有关的费用项目：
职业病危害评价费
联合试运转费等
这些费用通常根据相关规定和费用文件进行计算，并计入建设项目的总概预算或单项工程综合概预算中。