康熙没有杀明珠的原因主要有以下几点：
功劳显著：
明珠和索额图都为康熙立下了汗马功劳。明珠帮助康熙平叛和收复台湾，而索额图则参与了康熙对付鳌拜、葛尔丹等大事，为康熙的统治立下了大功。
亲属关系：
明珠是康熙的堂姑父，索额图的侄女更是康熙的皇后。这种亲缘关系使得康熙难以对他们下狠手。
顾全脸面：
康熙在晚年面对一系列重罪被告发时，念及他们几十年的付出，不忍心杀掉他们，以维护自己的尊严和大清的颜面。
个人情感：
康熙并非嗜杀之君，他重视明珠的才能和忠诚，选择放过他，继续利用他的才能为国家服务。
国法考量：
虽然明珠和索额图的罪名非常大，但康熙认为他们的功绩大于过错，因此选择了宽恕，而不是极端的惩罚。
综合以上几点，康熙没有杀明珠，主要是因为他们立下的功绩、与康熙的亲属关系以及康熙个人的情感和国法的考量。