新车的合格证在上牌后会被车管所存档。具体来说：
合格证的位置：
新车未上牌时，合格证通常在经销商手中；上牌后，合格证会被车管所回收备案。
上牌流程：
在办理车辆上牌时，车主需要提交包括机动车合格证在内的相关证明文件，车管所随后会将合格证存档。
合格证的作用：
合格证是车辆符合国家标准的重要证明，也是上牌时必须的文件之一。
查询方式：
如果需要查询车辆合格证编号，车主可以直接查看车辆合格证，或者通过工业和信息化部装备工业发展中心的官方网站，输入车辆发动机号或车架号等信息进行查询。
注意事项：
车主在购车后应妥善保管好合格证，因为它是办理上牌手续的必要文件。