部队中的科长职务级别主要对应于 正营级或副营级。具体来说，科长在师旅级单位中通常是正营级，对应军衔为少校，而在旅级或师级单位中，科长也可以是副营级，同样对应少校军衔。
此外，科长在司令部下属部门如侦察科、作训科、军务科、通信科、机要科等任职时，虽然职务名称与地方行政级别的局处科体系中的科长相同，但实际级别和职责有所不同。在这些部门中，科长通常被视为正营级或副营级，并挂少校军衔。
综合以上信息，可以得出结论：部队中的科长职务级别主要是正营级或副营级，对应军衔为少校。不过，实际级别和职责可能会因具体单位和部门的不同而有所调整。