北部湾航空的主要基地包括：
南宁吴圩国际机场：
作为北部湾航空的主运营基地，提供国内和国际航班服务。
济南基地：
2024年冬春航季设立并正式运营，计划到2025年过夜运力增加至5架，并开通航线。
长沙基地：
北部湾航空在长沙设有过夜基地。
海口基地：
北部湾航空在海口设有过夜基地。
宜昌基地：
北部湾航空在宜昌设有过夜基地。
阜阳基地：
作为华东地区设置的第一个过夜基地，执行14条航线。
北部湾航空的航线覆盖国内外多个城市，包括北京、广州、上海、深圳等一线核心城市及二三线主流城市，以及东盟国际和地区航线如新加坡、曼谷、雅加达、马尼拉、香港等