股权变更印花税的缴纳方式如下：
税率
股权变更印花税是按照股权转让书据上价款的万分之五（0.05%）计征印花税。计算公式为：股权变更印花税 = 股权转让书据价款 × 0.05%。
纳税人
股权变更印花税的纳税人为单位的，应当向其机构所在地的主管税务机关申报缴纳印花税。
纳税人为个人的，应当向应税凭证书立地或者纳税人居住地的主管税务机关申报缴纳印花税。
申报与缴纳
股权变更印花税可以在纳税人订立股权转让书据并完成变更后，通过网上电子税务局申报的方式或预约至主管税务机关前台办理申报的方式进行交纳。
其他注意事项
股权转让的双方要按万分之五税率缴纳印花税，并且对于股权转让所得，如果股东是自然人，要按20%税率缴纳个人所得税，法人股东则按25%税率缴纳企业所得税。
某些特定情况下，如增值税小规模纳税人，可能会享受印花税减免政策。
综上所述，股权变更印花税的缴纳需要遵循相关税法规定，并按照规定的税率和程序进行申报和缴纳。建议在办理股权变更时，咨询当地税务机关或专业税务顾问，以确保合规操作。