港澳通行证丢失的补办流程如下：
立即报失
在大陆地区，向居住地或户籍所在地的出入境管理部门进行挂失。
在港澳地区，向最近的警署报警并索要报失证明。
补办手续
在大陆地区，携带身份证、户口本原件及复印件和近期照片到公安局出入境管理处补办。
在港澳地区，凭报失证明前往香港或澳门中国旅行社办理证件补办手续。
提交材料
填写《中国公民出入境证件申请表》。
提供身份证、户口簿或其他户籍证明的复印件，以及书面的遗失声明。
提交近期正面免冠彩色照片（尺寸和背景要求可能因地区而异）。
支付费用
根据当地规定支付证件工本费。
领取证件
在回执上所示的领证日期或之后，凭身份证和回执前往指定地点领取新证。
请注意，具体的流程和所需材料可能因地区而异，建议提前咨询当地出入境管理部门获取最新信息