办理合作医疗的流程如下：
准备材料
携带户口簿和身份证原件及复印件。
两张近期免冠照片。
提交申请
到户口所在地的基层民政部门医保办办理。
如果是新型农村合作医疗已经合并到城乡居民医疗保险中，则一般由村里统一收取，新加入保可以去乡镇上社保保障所办理。
村级审核
各村参合人员以户为单位向本村村委会提供居民户口本，村委会负责对本村符合条件人员的基本情况进行核实。
各包村干部对其所包行政村的参合人员核查统计表及所提供材料，进行初步审核把关。
乡级复核
乡卫生工作办公室对包村干部初审后的资料进行复核验收。
乡镇劳动保障事务所对村里上报的参保登记有关材料进行初审，审核无误后，经办人员在《参保登记表》上签字，加盖乡镇保障所公章，及时将参保人员的基本信息录入新农保信息系统，将《参保登记表》、二代居民身份证和户口簿复印件等材料上报县农保中心。
公示确认
各村参合人员资料经乡卫生办复核验收后，各村以村为单位将登记结果张榜公示，接受群众监督。
审核通过后，会进行登记并发放医疗保险证等证件。
缴纳保费
按照当地规定的缴费标准和时间，前往指定地点缴纳医疗保险费用。
领取合作医疗卡
一旦用户的申请通过审核，合作医疗机构将通知用户前往领取合作医疗卡。用户需要携带身份证明等相关文件前往指定的领取地点领取合作医疗卡。
报销申请
办理合作医疗后可以行使正常的报销申请手续，提交报销所需要的相关申请材料，提交材料的地点在参保人所需的社保基金管理局各分区的社保分局医保科。
建议：
提前准备好所有必要的材料，确保材料的真实性和完整性。
留意办理时间和流程，及时完成各个步骤，避免错过办理时限。
在办理过程中，如有疑问或困难，可以向当地相关部门或机构咨询，寻求帮助。