菩提祖师不是如来佛祖。根据《西游记》的描述，菩提祖师是一位神秘莫测的高人，他隐居在西牛贺洲，传授孙悟空等徒弟各种神通法术。虽然菩提祖师的名字中含有“菩提”二字，与佛教创始人释迦摩尼在菩提树下悟道成佛的故事相呼应，但这并不足以证明他就是如来佛祖。
如来佛祖，即佛教的创始人，是古印度迦毗罗卫国释迦族人，存在于西元前第一个千年的中期，与道教文化无关。而菩提祖师在《西游记》中的形象更接近道家，他传授给孙悟空的法术连如来都难以破解，这表明菩提祖师的法力极强。
此外，从故事情节分析，孙悟空在遇到麻烦时首先想到的是求助于自己的师父菩提祖师，而不是去找如来佛祖，这也从侧面反映了菩提祖师与孙悟空之间更直接的关系。
综上所述，菩提祖师和如来佛祖分别代表了道教和佛教两个不同的体系，他们之间不存在师徒或同门师兄弟的关系。因此，菩提祖师不是如来佛祖