基地组织目前面临的危机主要包括：
招募困难：
由于西方国家政府及独立专家的反恐压力，基地组织在西方国家实施大规模恐怖行动变得更加困难，同时在巴基斯坦偏远部落的据点招募武装分子也遭遇挑战。
内部士气低落：
美军无人机对基地组织的打击、电子通讯的监视及破坏，以及组织内部相互猜忌，都导致了基地组织士气低落。
高层领导减少：
据最可靠的估计，基地组织“核心”的高层领导仅剩6到8人，包括本·拉丹及其副手扎瓦赫里。
与地区组织关系紧张：
尽管基地组织在也门及北非等地的活动频繁，但与当地一些组织的关系并不融洽，也不受当地民众欢迎，这增加了扩大组织规模的难度。
国际社会的关注与审查：
例如，美国最大的生化武器研究中心德克里特堡正面临全球越来越多的审查声音，要求对其展开全面调查。
地缘政治挑战：
随着地缘政治格局的变化，美国在中东等地区的军事存在受到挑战，反美武装和恐怖组织趁机对美军基地发动袭击。
军事战略失误：
美国可能高估了自身的军事力量，低估了战争后的善后工作，导致在中东等地的军事基地频繁遭受袭击。
区域安全动态变化：
中东等地的安全形势长期不稳定，武装冲突不断，这反映了当地安全形势的恶化，也使得美军基地成为袭击的目标。
以上信息综合了多个来源的报道和分析，以提供一个全面的视角来理解基地组织当前面临的挑战