工程酶主要包括以下几类：
限制性核酸内切酶（Restriction Endonuclease）：
能够识别特定的DNA序列，并在这些序列上进行切割。
DNA连接酶（DNA Ligase）：
催化DNA片段之间的磷酸二酯键的形成，连接DNA片段。
DNA聚合酶（DNA Polymerase）：
催化DNA合成的酶，用于复制或修复DNA。
反转录酶（Reverse Transcriptase）：
催化RNA分子合成DNA的过程，常见于逆转录病毒中。
RNA聚合酶（RNA Polymerase）：
催化DNA转录成RNA的过程。
修饰酶（Modification Enzymes）：
包括核酸酶（如DNase、RNase）、修饰酶（如细菌碱性磷酸酶BAP、T4噬菌体多核苷酸激酶T4 Phage Polynucleotide Kinase）等，用于DNA或RNA的修饰。
蛋白酶（Protease）：
如胰蛋白酶，用于蛋白质的水解。
解旋酶（Helicase）：
解开DNA双螺旋结构，使DNA单链分离。
这些工具酶在基因工程中扮演着至关重要的角色，用于切割、连接、复制、修复和修饰DNA或RNA分子。