餐补通常不是直接从工资中扣除的。根据《关于工资总额组成的规定》，工资总额由计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资、特殊情况下支付的工资等六个部分组成。餐补作为津贴和补贴的一部分，是作为额外的福利发放给员工的，并不直接从工资中扣除。
然而，也有公司会将餐补算作工资的一部分发放，并计入个人所得税的计算中。这种情况下，如果企业直接发放餐补给员工，则应计入实发工资；如果企业支付费用，但将员工餐补交由餐饮机构代发，则该餐补不需要计入实发工资。
总的来说，是否从工资中扣除餐补取决于公司的具体政策和当地的法律法规。