江苏省盐城市阜宁县发生龙卷风的原因可以归结为以下几点：
气象条件
黄淮地区处于副高西北边缘，导致温度高、湿度大。
500百帕高空存在冷涡配合低槽东移南下，700、850中低层有低涡切变东移，地面有气旋，后部有冷空气。
气流变化
低层存在强风切变，地面有强风向风速辐合，这些条件触发了龙卷风的形成。
云层与温度差异
当空中云层上下层温度差异过大时，冷空气下降，热空气上升形成小漩涡，积云继续发展形成积雨云，内部潜热加温形成强大气流，最终可能形成龙卷风。
其他因素
受到江淮气旋的影响，江苏省迎来一次大范围强降雨和大风天气过程，伴随着强烈的龙卷风和强对流天气。
9月中下旬，江苏地区通常不太容易发生龙卷风，但近期由于气温较高，加上江淮气旋的影响，带来了较强的动力条件，从而促成了龙卷风的发生。
以上是造成阜宁龙卷风的主要因素。