碧瑶的死因是在《诛仙》这部小说中，她为了保护张小凡而牺牲。具体情节如下：
使用痴情咒：
在第一次正魔大战中，碧瑶为了救张小凡，使用了痴情咒，并将自己的魂魄精血散尽，挡下了诛仙古剑的攻击。这一行为导致她不幸身亡，但她的肉身因合欢铃的扣住而得以保存。
合欢铃保留一魄：
碧瑶牺牲后，她的残余一魄被合欢铃扣住，使得她的肉身不灭。虽然她一直未醒，但魂魄得以保留。
肉身失踪：
在第二次正魔大战中，狐岐山崩塌，碧瑶的肉身失踪，只留下一角绿色衣裳和合欢铃。
复活无望：
尽管有说法称碧瑶最终成为了圣后娘娘，但这仅是小说中的虚构情节，并非原著内容。在原著中，碧瑶并未真正复活，她的命运以肉身失踪告终。
综上所述，碧瑶的死因是为了救张小凡而牺牲，她的魂魄被合欢铃保留，但肉身最终失踪，未能复活。