酸菜鱼通常选用以下几种鱼作为主料：
草鱼：
肉质细嫩、刺少肉多，适合制作酸菜鱼，汤鲜味美，成菜肉质细嫩，微辣不腻。
黑鱼 （乌鱼）：鱼刺较少，肉味鲜美，营养丰富，适合制作酸菜鱼，口感滑嫩。
鲈鱼：
某些酸菜鱼选用鲈鱼，特别是广东鲈鱼，肉质弹韧，去骨去尾去鱼腩后，保留鱼背肉，制作出的酸菜鱼口味独特。
鲤鱼：
口感鲜咸酸椒，含有丰富优质蛋白，消化吸收率高，适合制作酸菜鱼。
选择鱼的时候，应考虑鱼的肉质、刺的多少以及是否容易处理。草鱼和黑鱼因其肉质细嫩、刺少且易于处理，是制作酸菜鱼时较为常见的鱼类选择。鲈鱼和鲤鱼也是不错的选择，尤其是鲈鱼，其肉质弹韧，制作出的酸菜鱼口感独特。