微生物是一类肉眼难以看清的微小生物，主要包括以下几大类：
细菌
异养型细菌：寄生、腐生细菌。
自养型细菌：化能合成细菌、光合细菌、蓝细菌。
厌氧型细菌：乳酸菌等。
好氧型细菌：硝化细菌、谷氨酸棒状杆菌、黄色短杆菌等。
固氮细菌：共生固氮微生物（根瘤菌等）、自生固氮微生物（圆褐固氮菌）。
病毒
烟草花叶病毒、爱滋病病毒（HIV）、SARS病毒、致癌病毒、噬菌体等。
真菌
酵母菌、食用菌、霉菌等。
原生动物
大草履虫、小草履虫、变形虫、眼虫、衣藻等（一般为单细胞生物）。
藻类
颤藻、念珠藻等。
其他微生物
放线菌、立克次氏体、支原体、衣原体、螺旋体等。
微生物在自然界中分布广泛，与人类关系密切，涉及食品、医药、工农业、环保等多个领域。有些微生物是有益的，如用于生产奶酪、面包的乳酸菌；有些则可能导致食品腐败或人类疾病，如大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等致病微生物