毕业生的主管部门主要有以下几种：
毕业学校的就业办
负责毕业生毕业就业的初始分配，改革前负责工作派遣（包分配时期），改革后主要负责毕业档案签发。
各地方人社局及其人才中心
负责毕业生就业后的管理和服务，包括档案转接、户口迁移等。
省教育厅或教育委员会
在省级层面负责高校毕业生就业工作的管理和指导。
高校毕业生就业指导中心
具体办事机构，负责就业指导、招聘信息发布、校园招聘组织等。
生源地主管单位
各省份负责高校毕业生就业工作的政府主管部门，负责具体接收毕业生的规定和政策。
建议毕业生在办理就业手续时，先联系所在学校的就业指导中心或就业办，了解具体流程和所需材料，然后再根据学校或地方人社局的要求，完成后续的档案转接和户口迁移等手续。