当学员在科目二考试中连续五次未通过时，根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，驾校通常会采取以下措施：
终止合同：
驾校会与学员之间的合同提前解除。
取消学习资格：
学员将失去在驾校继续学习驾驶技巧的资格，也无法继续参加科目考试。
作废成绩：
之前通过的科目一成绩也将作废。
重新报名：
若要恢复考试资格，学员需要重新报名驾校，并支付相应费用。
从头开始：
学员需从科目一开始重新学习，并重新预约科目二考试。
请注意，虽然驾校通常不会收取额外费用来处理这种情况，但具体情况可能因驾校而异。建议与驾校管理层沟通，了解他们的具体政策和解决方案