日语的系属问题在学术界存在争议，主要有以下几种观点：
阿尔泰语系
日语与阿尔泰语系有众多关联性，例如日语是黏着语，而阿尔泰语系下几乎所有语言都是黏着语。此外，日语的语法、语序等也与阿尔泰语系下属的诸多语言（尤其是蒙古、通古斯类语言）有许多的联系。然而，日语与所有阿尔泰语言之间存在巨大的隔阂，即日语与它们之间有极少的同源词。根据语言发生学的同源词理论，语言分类的唯一标准就是同源词，这使得日语归入阿尔泰语系存在争议。
南岛语系
日语与南岛语系有许多共同点，比如日语有大量的南岛语同源词，并且日语的文法与南岛语系的语言（如越南语）有惊人的相似度，都是使用SOV序列。因此，有学者认为日语应该属于南岛语系。
阿尔泰-南岛混合语系
鉴于日语与阿尔泰语系和南岛语系都有联系，但同源词较少，有学者提出日语应该与朝鲜语合并为一个新的语系：阿尔泰-南岛混合语系。朝鲜语与日语在语法和文法的相似度、SOV序列的使用以及共同受古汉语影响等方面都有很高的相似性，但两者之间也缺乏同源词，这支持了混合语系的观点。
日本语系
美国学者列昂·安吉洛·塞拉菲姆（Leon Angelo Serafim）提出了日本语族的分类，包括日本语派和琉球语派，但这一分类并没有得到广泛支持，因为日本人缺少“阿尔泰父系”和南岛父系。
孤立语言
有学者认为日语是一种孤立语言，与目前世界上已知的语系都没有关联，这一观点主要基于日语与阿尔泰语系和南岛语系之间缺乏同源词的问题。
综合来看，日语的系属问题仍然没有定论，存在多种假说和争议。目前较为广泛接受的观点是日语可能属于阿尔泰语系或南岛语系，或者与朝鲜语共同组成一个新的语系。建议进一步研究和探讨以确定日语的最终系属。