士郎确实知道红A就是自己。在剧情的发展中，士郎通过不同的线索和事件逐渐意识到红A的真实身份。以下是相关信息的梳理：
1. 伊莉雅向士郎解释了红A与士郎之间的相似性，以及红A是英灵化的卫宫士郎，即未来的士郎。
2. 在HF线（Hearts Full of Fire）中，士郎通过伊莉雅的讲解和自己的观察，最终猜出红A就是自己。
3. 在其他路线中，如UBW（Unlimited Blade Works）线，凛暗示了士郎和红A之间的关联，并通过项链的线索让士郎意识到他们之间的相似性。
4. 动画中，士郎在与红A的对决中，通过模仿红A的招式和能力，进一步确认了红A就是自己。
5. 红A作为未来的士郎，拥有与士郎相似的记忆和战斗方式，这也是为什么士郎会不自觉地模仿红A。
综上所述，士郎最终确认了红A就是自己，并且理解了自己与红A之间的深厚联系