朱元璋并没有杀害刘伯温。根据历史记载，刘伯温在明朝建立初期就辞官隐居，并在京城病逝，享年64岁。尽管朱元璋在建立明朝后对功臣有所猜忌，并进行了大规模的屠杀，但并没有确凿的历史证据表明他直接杀害了刘伯温。
刘伯温的死因在历史上有多种说法，但多数观点认为他是因为政治斗争的失败和朱元璋对其权势的忌惮而忧心忡忡，最终因病去世。朱元璋在刘伯温病重时确实派了胡惟庸给他送药，但并没有直接证据表明这导致了刘伯温的死亡。
因此，根据现有的历史资料，刘伯温的死可以说是由于政治压力和个人健康问题，而不是朱元璋直接杀害所致