在民事诉讼中，被告可以通过以下方式反驳原告的证据：
提出反证：
被告可以提出与原告证据相矛盾的证据，例如提供其他证据、证人证言或合理的推论，以否定原告证据的真实性或合法性。
对证据进行质疑：
被告可以对原告证据的来源、真实性、合法性等方面提出质疑。例如，质疑证据的获得方式是否合法，证据是否被篡改等。如果质疑成立，法庭可能会对证据进行排除或降低其证明力。
提供反驳证据：
被告可以提供直接证据证明原告证据不真实或不合法。例如，如果原告提供的是目击证人证言，被告可以提供其他目击证人的证言来证明原告证人证言的不真实性。
利用本证：
被告也可以提出新的本证来支持自己的事实主张，从而反驳原告的主张。
质证环节：
在法庭审理过程中，被告有权对原告的证据进行质证，通过质证环节来质疑原告证据的可信度和合法性。
法庭辩论环节：
在法庭辩论环节，被告可以发表意见，对原告的证据和主张进行反驳。
申请调查取证：
如果被告因客观原因不能自行收集证据，可以向人民法院申请调查取证，以获取支持自己主张的证据。
通过以上方式，被告可以有效地反驳原告的证据，维护自己的合法权益。在实际操作中，被告应当充分准备，提供充分、有力的证据来支持自己的反驳主张。