重庆不重点发展巴南区的原因可以从以下几个方面进行总结：
地理位置和地形限制
重庆地形以山地为主，城市主要被中梁山和铜锣山脉分为北部、中部和南部槽谷。南部槽谷由于山脉阻隔，发展空间有限，且腹地较小。
交通发展不足
巴南区缺乏四通八达的交通网络，没有高铁站和港口，轨道交通线路较少，仅有3号线一条线路通过，交通发展不足限制了城市的发展。
城市发展方向
重庆市政府的发展战略方向主要集中在北部和中部地区，巴南区不在主要发展干道上，导致城市资源和发展重点偏向其他地区。
行政区划和历史影响
巴南区在直辖初期行政区划调整中受到一定影响，失去了部分优质土地，同时承担了国企改革的包袱，影响了区域的发展。
经济数据和增长情况
根据一些数据，巴南区在某些年份出现了经济负增长的情况，与其他区域相比，经济增长速度较慢。
区域竞争
重庆其他区域如渝北、沙坪坝、南岸等，由于靠近核心区域或有明显的发展优势，吸引了更多的资源和投资，使得巴南区在竞争中处于不利地位。
政策和规划
在重庆的地铁和轻轨规划中，巴南区相对其他区域得到的投入较少，新一轮的地铁规划中没有包含巴南区，反映出市政府对该区域发展的重视程度不足。
综上所述，重庆不重点发展巴南区是由多种因素综合作用的结果，包括自然地形限制、交通不发达、战略方向偏移、行政区划调整影响、经济数据表现不佳、区域竞争激烈以及政策和规划上的不足。这些因素共同作用，导致了巴南区相对于重庆其他区域的发展滞后