鳌拜怕索尼的原因主要有以下几点：
资历高于鳌拜
索尼是开国重臣，跟随了四朝皇帝，资历比鳌拜老。在朝堂上的职位也比鳌拜高，并且与皇家有姻亲关系。这种联姻是孝庄皇太后有意安排的，目的是让索尼牵制鳌拜。
文官与武将的身份差异
索尼是文官，而鳌拜更多的是武将。在皇权专制的时代，皇帝通常对掌握兵权的武将有所忌惮。无论是顺治还是康熙，对索尼的信任都比鳌拜要多。
得到的支持更多
索尼通晓汉字，与汉人关系较好，这使他得到了很多汉族官员的支持，这些人在当时全国力量非常强大。而鳌拜在这方面没有优势。
个人实力强大
索尼通过自己的努力获得了顺治的认可，逐渐走向了权力的巅峰。他世袭一等伯，被提拔为内大臣兼议政大臣以及总管内务府，从权利上来说，索尼的权利并不比鳌拜低。
政治手腕老练
索尼被认为是老谋深算的老狐狸，其政治手腕非常人能比。鳌拜虽然是一介武夫，在政治上根本不是索尼的对手。
与孝庄皇太后的结盟
索尼与孝庄皇太后已经结盟，从康熙娶了索尼家族的人为皇后起，这意味着索尼和孝庄已经成为一家人。鳌拜再掌握兵权，也不能同时与皇帝和索尼作对。
综合以上几点，可以看出鳌拜对索尼的畏惧主要源于索尼在资历、政治手腕、皇帝信任以及汉族官员支持等方面的优势。这些因素共同作用，使得鳌拜在政治上对索尼有所忌惮。