申请软件著作权的流程如下：
网上注册
首先，需要在中国版权保护中心网站上进行用户注册，注册成功后，在办理软件版权登记业务之前，申请人或代理人要进行实名认证。实名认证通过后，在线填报并上传申请文件，确认无误后提交。
填写申请表
在注册用户名后，登录中国版权保护中心网站，根据要求填写计算机软件著作权登记的申请表。申请表填写完成后会生成受理号，需要将申请表打印出来，并盖章或者签字。
准备材料
软件著作权登记申请表（网上填写并打印，加盖单位公章）。
软件的鉴别材料，包括源程序代码及软件使用说明书。源代码需要提供前30页和后30页，每页50行，不得有空行，页眉要注明申请人名称和软件全称。如果软件不满60页，则需要提交全部源代码。
申请人或代理人的身份证明。如果是委托代理申请，还需提供代理委托协议和代理人的身份证明。
其他相关证明文件，如软件权属归属证明、经原著作权人许可的许可证明、权利继承、受让或承受的证明等。
提交申请
将准备好的材料提交至中国版权保护中心，可以通过邮寄或在线系统提交。在线提交更为便捷，可以在国家版权局官方网站的“计算机软件著作权登记”板块完成。
缴纳费用
根据版权保护中心的要求支付相应的申请费用。目前，国家是免收计算机软件著作权登记的费用的。
等待审查
提交申请后，版权保护中心将进行形式审查和实质审查。审查期间可能会有补正通知，需按要求补充材料或作出说明。审查通过后，申请符合相关规定和要求的，予以登记，发给相应的登记证书，并予以公告。
领取证书
审查通过后，大概需要30到60日的时间，申请人可以领取著作权登记证书。
建议：
在申请过程中，确保所有材料的真实性和完整性，并按照要求提交。
如果遇到补正通知，及时响应并按要求进行补正，以免影响申请进度。
考虑委托专业的版权代理机构代为申请，以确保流程的顺利进行和申请的成功率。