西宁的马公馆闭馆的原因主要有以下几点：
国家旅游局整肃景区：
马公馆作为青海唯一被摘牌的4A级景区，因国家旅游局的整肃行动而被迫关闭。
展览内容和解说词问题：
马公馆在展览内容和解说词上严重背离历史事实，过于美化马步芳和马家军，引起了群众的不满和批评。例如，马步芳被宣传为做了许多利国利民的好事，甚至被描述为派兵抗日和发展西北教育，这种不准确的宣传最终导致了闭馆。
旅游功能丧失：
马公馆在开放成景区后，由于上述问题，已经失去了其作为旅游景点的功能，因此被停业整顿。
社会负面影响：
有报道称，马步芳公馆的导游在介绍马步芳时存在不严谨、随意性、片面化的现象，误导了观众，造成了严重的社会负面影响。
综上所述，马公馆的闭馆是由于国家旅游局的整治、展览内容和解说词的不实、旅游功能的丧失以及社会负面影响等多重因素共同作用的结果。