海鸭蛋蛋白发黄的原因主要有以下几点：
制作过程中的化学反应
在传统的咸鸭蛋制作方法中，鸭蛋会包裹在石灰泥中并烧制。石灰遇水发热，导致鸭蛋在高温下烧熟，同时铅等物质发生化学反应，使蛋清和蛋黄变色。如果烧制时间不够或石灰泥比例不当，会影响化学反应的充分进行，导致蛋白未能完全变黑，出现黄色。
胡萝卜素的存在
咸鸭蛋在腌制过程中，其中的胡萝卜素会渗透到蛋白质中，使其呈现黄色。这是一种正常的物理现象，并不意味着鸭蛋已经变质。只要蛋黄没有变色，通常可以继续食用。
腌制时间过长
腌制时间过长会导致蛋白和蛋黄混合，使蛋白呈现出黄色。这种情况下，如果鸭蛋没有异味，一般不会影响食用。但如果有异味，则可能表示鸭蛋已经变质，不应再食用。
综上所述，海鸭蛋蛋白发黄的原因可能是制作过程中的化学反应不充分、胡萝卜素的存在或腌制时间过长。在判断是否可以食用时，应观察蛋黄是否变色以及是否有异味。如果蛋黄没有变色且无异味，那么蛋白发黄的海鸭蛋是可以继续食用的。