禁摩令的合法性存在争议，主要基于以下几点：
法律依据：
根据《中华人民共和国道路交通安全法》第三十九条，公安机关交通管理部门有权根据道路和交通流量的具体情况采取疏导、限制通行、禁止通行等措施。但这并不意味着地方政府可以随意制定禁摩政策，因为这些措施需要符合上位法的规定。
地方条例与上位法冲突：
全国有超过170个城市实行禁摩令或禁微令，但根据交通法的规定，这些地方性管理条例与交通法相冲突，地方规定大不过法律，因此这些规定应当是没有法律效力的。
法院判决：
在一些具体案例中，如深圳市盐田法院审理的禁摩令案，法院认定被告方在执法过程中存在程序违法，并判决撤销处罚，要求被告方赔偿因打官司带来的成本。
政策目的与实施效果：
禁摩政策的实质是长期禁止公民使用合法的交通工具，这并不符合《道路交通安全法》的立法目的。此外，禁摩令可能导致市民出行成本增加，并人为损害摩托车、小排量汽车产业的利益。
行政许可法影响：
随着《行政许可法》的实施，地方政府不能自行设定许可，必须由市人大制定地方性法规并报省级人大批准。这可能影响禁摩令的法律正当性。
综上所述，禁摩令的合法性取决于其是否遵循了正确的法律程序，是否与上位法相一致，以及是否真正符合公共政策的目的和效果。在某些情况下，禁摩令可能被认为是违法的，而在其他情况下，则可能因法律程序或政策目的的问题而受到质疑。