牡丹的根部具有以下特点：
根系发达：
牡丹拥有多数深根形的肉质主根和侧根。
初生根颜色变化：
初生根始为白色，随着生长渐变为黄色至褐色。
肉质部分特征：
肉质部分通常为白色，个别情况下可能为红色，肉质中心可能木质化，俗称“木心”。
养分储存：
肉质部储有大量养分和水分，供植株生长使用。
根系与植株关系：
一般来说，根系深的植株枝叶茂盛，植株较高；根浅的则枝短株型矮。
根型分类：
牡丹的根型可分为直根型、中间型和鸡爪根型等，其中直根型根系深且根条稀疏，适合加工成丹皮；中间型根系稀密适中，适合观赏和药用；鸡爪根型根系入土较浅，侧根交叉生长，形似鸡爪，丹皮产量和质量较低。
牡丹皮：
牡丹的干燥根皮称为牡丹皮，具有特殊的香气，味微苦而涩。
这些特点使得牡丹能够吸收充足的水分和养分，支持其生长和开花。牡丹的根部结构对其生长环境和栽培方式有着重要影响