M3螺纹的底孔尺寸主要取决于螺纹的直径和螺距。M3螺纹的标准直径为3毫米，螺距为0.5毫米。底孔直径通常通过以下公式计算：
\[ \text{底孔直径} = \text{螺纹直径} - \text{螺距} \]
将M3螺纹的直径和螺距代入公式：
\[ \text{底孔直径} = 3 \, \text{mm} - 0.5 \, \text{mm} = 2.5 \, \text{mm} \]
因此，标准的M3螺纹底孔直径为2.5毫米。
然而，实际生产过程中，由于不同设备的性能差异，加工螺纹孔时可能需要适当调节底孔直径。例如，对于不锈钢等较硬的材料，可能需要增大底孔直径以确保螺纹的顺利旋入和紧固。
综上所述，M3螺纹的底孔尺寸主要为2.5毫米，但在具体应用中可能需要根据材料和设备性能进行适当调整。