是的，优秀的毕业论文通常会有证书。这些证书不仅代表了学生在科研领域的成就，也是对其研究生期间科研水平的肯定。根据不同学校的规定，优秀毕业论文可能会获得奖金，并且成绩会被记录在学籍卡上，放入学生的档案中。对于招聘单位来说，优秀论文的获奖证书是一个有分量的标志，有时可以作为评职称的加分项。
例如，对于硕士论文，如果足够优秀并被知网（CNKI）采纳，作者可能会收到知网颁发的“中国优秀硕士学位论文全文数据库”收录证书。
需要注意的是，不同学校或学术机构对于优秀论文的认定标准和奖励机制可能有所不同，具体情况需要参照各自的规定。