马苏和孔令辉的分手原因主要有以下几点：
性格不合
马苏性格比较幼稚，没有长大，在很多方面没有顾及到孔令辉的感受，导致两人分手。
孔令辉希望马苏能够退隐娱乐圈，而马苏不愿意放弃自己的事业，这导致两人产生矛盾。
事业心强
马苏的事业心非常强，多次以事业为由拒绝孔令辉的求婚，耗费了十几年青春。
孔令辉作为奥运冠军，希望找个贤内助型的女朋友，而马苏可能更想要浪漫和自由，这导致两人目标不一致。
生活琐事和矛盾
两人长期分居两地，见面时容易发生矛盾，孔令辉觉得马苏太作、太粘人。
马苏对孔令辉的关心不够，孔令辉也提到自己平时对她关心不够。
外部因素
“夜宿门”事件对两人的关系产生了很大影响，马苏因此受到困扰。
马苏和孔令辉在各自领域都很忙，导致感情逐渐淡漠。
价值观和人生规划
孔令辉希望马苏能多顾及家庭，而他希望找个能够牺牲事业、相夫教子的伴侣。
马苏在采访中多次强调是自己太忙、太幼稚，没有平衡好事业和家庭的关系。
综上所述，马苏和孔令辉的分手主要是由于性格不合、事业心强、生活琐事和矛盾、外部因素以及价值观和人生规划的不同。最终，两人选择了和平分手，各自追求自己的幸福。